Dưới thời Việt Nam Cộng hòa, Thổ Châu là một xã thuộc tỉnh An Xuyên (Cà Mau hiện nay). Đến năm 1972, xã Thổ Châu trở thành một ấp thuộc xã Lại Sơn, huyện An Biên.
Sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng, một số quần đảo, trong đó có quần đảo Thổ Châu ta chưa kịp tiếp quản. Lợi dụng tình hình đó, ngày 10/5/1975, quân Khmer Đỏ đưa quân chiếm đóng trái phép quần đảo này và bắt trên 500 người đang sinh sống trên quần đảo đưa xuống tàu và chở đi thủ tiêu.
Trước tình hình trên, quân đội ta chỉ thị cho Quân chủng Hải quân phối hợp với Quân khu 9 và các lực lượng địa phương tiến công, đánh chiếm lại các đảo thuộc Thổ Châu. Đến ngày 27/5/1975, đảo Thổ Châu hoàn toàn giải phóng.
Xác định được tầm quan trọng của quần đảo Thổ Châu trong quốc phòng và an ninh, ngày 15/2/1993, Ủy ban nhân dân tỉnh Kiên Giang ra Quyết định số 96/QĐ-UB thành lập Ban Chỉ đạo xã mới Thổ Châu lâm thời, đồng thời tổ chức đưa dân ra đảo sinh sống. Đợt di dân đầu tiên gồm có 6 gia đình với 30 nhân khẩu từ huyện Kiên Hải ra đảo Thổ Châu lập nghiệp. Sau đó, tiếp tục đưa dân ra đảo này. Đến ngày 24/4/1993, Thủ tướng Chính phủ ra Nghị định số 19/NĐ-CP về việc thành lập xã Thổ Châu, thuộc huyện Phú Quốc (nay là thành phố Phú Quốc).
Qua 30 năm hình thành và phát triển, Đảng bộ, chính quyền và nhân dân Thổ Châu đã vượt qua muôn vàn khó khăn, thử thách, đoàn kết, chung sức, chung lòng từng bước đưa Thổ Châu đi lên trước đầu sóng, ngọn gió.
Về kinh tế, từ một xã gần như không có gì, nay Thổ Châu có tốc độ tăng trưởng kinh tế từ 10-12%/năm. Cơ cấu kinh tế từng bước được chuyển dịch theo hướng tích cực: Thương mại – dịch vụ hậu cần nghề cá chiếm 46%; nông - lâm - ngư nghiệp chiếm 37,8%; công nghiệp - xây dựng chiếm 16,2%.
Riêng năm 2022, tổng mức bán lẻ hàng hóa đạt 40 tỷ đồng; thu mua, chế biến các loại hải sản đạt 850 tấn, tăng 3,65% so năm trước. Nông - lâm - nghiệp từng bước vươn lên; chăn nuôi và trồng trọt rau màu cũng như một số loại cây ăn trái đủ đáp ứng một phần nhu cầu của quân dân trên đảo. Hiện nay, xã có 66 tàu đánh bắt thủy hải sản có công suất từ 8 – 24 CV; năm 2022 đánh bắt được trên 150 tấn cùng với 30 tấn cá nuôi từ lồng bè của 46 hộ dân. Xã có 1 cơ sở chế biến hải sản đông lạnh, có 6 hộ kinh doanh nghề chế biến các loại khô; 127 cơ sở dịch vụ ăn uống; 42 cơ sở tạp hóa; 2 lò bánh mì... góp phần giải quyết cho trên 200 lao động tại địa phương.
Lĩnh vực văn hóa - xã hội thường xuyên được quan tâm, các nhu cầu thiết yếu của người dân được đáp ứng tốt hơn; công tác xóa đói giảm nghèo được quan tâm thực hiện, tỷ lệ hộ nghèo và cận nghèo giảm còn 1,46%; nhà kiên cố và bán kiên cố chiếm trên 70%; tỷ lệ hộ sử dụng điện đạt 100% và sử dụng nước hợp vệ sinh đạt 98,9%. Xã hiện có 1 điểm trường mầm non và 1 trường tiểu học – trung học cơ sở, hàng năm huy động trẻ từ 6 đến 14 tuổi đến trường đạt trên 98%.
Công tác chăm sóc sức khỏe cho nhân dân có nhiều tiến bộ, mô hình y tế quân – dân y kết hợp đã phát huy hiệu quả, kịp thời khám và điều trị bệnh cho nhân dân. Trạm Y tế xã có 2 bác sĩ, 7 nhân viên phục vụ công tác chuyên môn. Các hoạt động văn hóa, thể dục, thể thao và xây dựng đời sống văn hóa đạt được nhiều kết quả, 95% hộ và 100% đơn vị, cơ quan đạt tiêu chuẩn văn hóa.
Công tác quốc phòng, an ninh luôn được phát huy và giữ vững. Thường xuyên hoàn thiện, bổ sung các kế hoạch sẵn sàng chiến đấu, luôn nâng cao ý thức cảnh giác với âm mưu “diễn biến hòa bình”, “bạo loạn lật đổ” của các thế lực thù địch. Hàng năm, công tác tuyển quân đều đạt 100% chỉ tiêu; lực lượng dự bị động viên, dân quân tự vệ đạt 3,15% so với dân số. An ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội được giữ vững ổn định. Đảng bộ, chính quyền xã Thổ Châu luôn phối hợp chặt chẽ với các đơn vị lực lượng vũ trang đóng quân trên địa bàn, làm tốt công tác bảo vệ chủ quyền, an ninh vùng biển Tây Nam của Tổ quốc.
Công tác xây dựng Đảng và hệ thống chính trị luôn được quan tâm, khi mới thành lập, chi bộ xã chỉ có 3 đảng viên, nay đã nâng lên thành Đảng bộ với hơn 80 đảng viên. Bộ máy các cơ quan Đảng, chính quyền, đoàn thể đều phát huy tốt vai trò của mình, đủ sức lãnh đạo, điều hành, thực hiện nhiệm vụ chính trị của mình.
30 năm - một chặng đường phát triển, tạo cho Thổ Châu một sức mạnh và niềm tin mới, đủ sức vượt qua đầu sóng ngọn gió canh giữ đất trời Tây Nam Tổ quốc.
Thiện Cẩn